Первая идентификация РНК-связывающих белков, которые регулируют альтернативные экзоны в гене дистрофина

10 ноября 2020
Ген мышечной дистрофии Дюшенна (DMD) имеет сложный паттерн экспрессии, регулируемый множеством тканеспецифичных промоторов и альтернативным сплайсингом (AS) полученных транскриптов. Здесь мы использовали подход на основе РНК в сочетании с РНК-seq, нацеленной на DMD, для идентификации РНК-связывающих белков (RBP), которые регулируют сплайсинг его изоформы  в скелетных мышцах (Dp427m) в линии мышечных клеток человека. Всего было протестировано 16 RBP, составляющих основные регуляторы событий мышечного сплайсинга. Мы показываем, что различные комбинации RBPs поддерживают правильное включение в Dp427m экзонов, которые подвергаются пространственно-временному альтернативному сплайсингу в других изоформах дистрофина. В частности, наши результаты выявили сложные сети RBP, вносящие вклад в сплайсинг двух коротких экзонов DMD 71 и 78, причем включение экзона 78 во взрослую изоформу Dp427m имеет решающее значение для функции мышц. Среди протестированных RBP белки QKI и DDX5 / DDX17 являются важными детерминантами включения экзона DMD. Это первое крупномасштабное исследование, направленное на определение того, какие белки RBP действуют на физиологический сплайсинг гена DMD. Наши данные проливают свет на молекулярные механизмы, способствующие экспрессии различных изоформ дистрофина, на которые может влиять изменение функции или уровня экспрессии идентифицированных RBP.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

Архив новостей